П. 10 ст. 89 Налогового кодекса РФ устанавливает, что налоговый орган имеет право провести повторную выездную налоговую проверку независимо от времени проведения предыдущей проверки по тем же налогам и за тот же отчётный период. В ходе проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении повторной выездной налоговой проверки. Повторная выездная налоговая проверка налогоплательщика может проводиться следующими лицами:
1) вышестоящим налоговым органом - в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку;
2) ранее проводивший проверку налоговый орган - в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации, в которой указана сумма налога в размере, меньшем ранее заявленного.

Налоговый кодекс РФ, другие законы и подзаконные акты не предусматривают ограничений или условий, при которых вышестоящий налоговый орган принимает решение провести повторную проверку в порядке контроля над деятельностью налоговой инспекции.

Насколько это видно из вашего вопроса, обжалование решения инспекции происходило в апелляционном порядке в вышестоящий орган, а не в суд. Как указывает Конституционный суд РФ в Постановлении от 17 марта 2009 г. № 5-П «По делу о проверке конституционности положения, содержащегося в абзацах четвертом и пятом пункта 10 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации, в связи с жалобой общества с ограниченной ответственностью "Варм"», согласно статье 118 (части 1 и 2) Конституции Российской Федерации правосудие в Российской Федерации осуществляется только судом посредством конституционного, гражданского, административного и уголовного судопроизводства. По смыслу данной статьи во взаимосвязи со статьей 10 Конституции Российской Федерации именно суду принадлежит исключительное полномочие принимать окончательные решения в споре о праве, в том числе по делам, возникающим из налоговых правоотношений, что, в свою очередь, означает недопустимость преодоления вынесенного судом решения посредством юрисдикционного акта административного органа.

Преодоление судебного решения путем принятия административным органом юрисдикционного акта, влекущего для участников спора, по которому было принято судебное решение, иные последствия, нежели определенные этим судебным решением, означает нарушение установленных Конституцией Российской Федерации судебных гарантий прав и свобод, не соответствует самой природе правосудия, которое осуществляется только судом, и несовместимо с конституционными принципами самостоятельности судебной власти, независимости суда и его подчинения только Конституции Российской Федерации и федеральному закону.

Это означает, что если бы жалобу рассматривал судебный орган, то повторная проверка была бы исключена. В вашем случае повторная проверка возможна и является законной, т.к. она проводится после рассмотрения вышестоящим налоговым органом.